Los treinta años conservadores

Tras el período transitorio de un año en que la jefatura del estado fue ocupada por dos presidentes ("gobierno binario"), el conservador Tomás Martínez fue elegido presidente de Nicaragua para el período 1859-1863. Aunque según la Constitución de 1858 no era posible presentarse a un segundo mandato presidencial, Martínez se hizo reelegir en 1863, lo cual motivó la insurrección del liberal Máximo Jerez y del conservador Fernando Chamorro. Ambas insurrecciones fueron vencidas, y Tomás Martínez gobernó hasta 1867.
Le sucedió Fernando Guzmán (1867-1871), durante cuyo mandato continuó la inestabilidad política. Una nueva guerra civil, que estalló el 25 de junio de 1869, se resolvió gracias a la mediación estadounidense. Le sucedieron Vicente Quadra (1871-1875), Pedro Joaquín Chamorro (1875-1879), Joaquín Zavala (1879-1883), Adán Cárdenas (1883-1887), Evaristo Carazo (1887-1889) y Roberto Sacasa (1889-1893). Durante todo este período estuvo en vigencia el sufragio censitario, según el cual solo los grandes propietarios tenían derecho a emitir su voto. La normalidad fue interrumpida por el levantamiento del militar liberal José Santos Zelaya, que puso fin en 1893 a las tres décadas de dominio conservador.
Durante la última parte de los "treinta años conservadores", el café se convirtió en el centro de la economía del país. Para dar salida a las exportaciones de este producto se mejoraron notablemente los transportes, con la introducción del ferrocarril. Se promulgaron leyes agrarias que favorecían a los grandes terratenientes cultivadores de café.
La Costa de los Mosquitos, protectorado británico, pasó a Honduras en 1859 y, finalmente, a Nicaragua, en 1860. Sin embargo, mantendría su autonomía hasta 1894, cuando el general José Santos Zelaya, que el año anterior había llegado al poder gracias a una revolución liberal, la reintegró a Nicaragua.